Il maestoso Porto Neroniano venne costruito su questo impianto e raggiunse il suo massimo splendore nei secoli precedenti la caduta dell'impero romano. Costituito da due bracci, quello di ponente la cui origine è ancora visibile, e quello di levante dove oggi sorge la chiesa, arrivava a chiudersi come una cupola nel tratto di mare ove oggi riconosciamo lo scoglio dello "sconciglio". Le sue banchine permettevano un libero passaggio di correnti, attraverso numerose aperture che facilitavano il flusso delle correnti e consentendo un costante ricambio dell'acqua eliminavano quasi completamente l'insabbiamento.

La sua apertura, orientata a scirocco, era probabilmente protetta da un antimurale, che oltre a contenere la risacca, consentiva l'agibilità sia da levante che da ponente; o forse l'ingresso era uno soltanto, a levante, ben ridossato. A levante, nella zona attualmente occupata dal "moletto Pamphily, e fino a qualche decennio fa dal "molettone", vi era un terzo braccio, un approdi di sosta e disimpegno, in parte ridosso a venti del secondo quadrante. Doveva essere una realizzazione invero magistrale visto che sopravvisse per più di un millennio senza alcuna manutenzione.

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