Pur tra mille difficoltà il nuovo porto iniziò a funzionare. L'interramento costituì il punto di partenza della realizzazione di Anzio moderna. Si edificarono opere imponenti come l'arsenale ed un fortino all'estremità del molo, significative come la chiesetta di S. Antonio in corrispondenza dell'attuale edificio della Guardia Costiera e punto nodale della suggestiva processione che si tiene ogni anno,e moltissime altre che fecero assumere ad Anzio il ruolo di un centro strategico da un punto di vista commerciale e militare nel centro Tirreno. Si istituì una parrocchia e la città iniziò a popolarsi ed animarsi di nuova energia vitale.

In effetti era accaduto un mezzo miracolo. Un operazione mal concepita e mal condotta aveva dato nuova vita ad un luogo desolato e dimenticato dal tempo. Ma l'operazione insensata di costruire un porto nel posto e nel modo sbagliato rimaneva. Sarebbe lungo citare i numerosissimi tentativi di rendere il porto Innocenziano compatibile con le leggi dell'idraulica. A più riprese si aprirono e chiusero passaggi d'acqua, si prolungò sulla destra il braccio del molo nel tentativo di costituire ridosso alle devastanti mareggiate di libeccio senza risolvere il problema dell'insabbiamento e proteggerlo dallo scirocco.
Il porto andava costantemente dragato, esattamente come adesso, non offriva riparo adeguato ai venti del II e III quadrante, esattamente come adesso, ma iniziò ad essere amato dai portodanzesi che con esso si identificarono. Esattamente come adesso.
Il secolo diciannovesimo, il secolo delle rivoluzioni, non risparmiò Porto d'Anzio. Il 5 Ottobre del 1813 una formazione di navi inglesi aprì il fuoco contro le postazioni francesi che nella nostra città si erano installate occupando lo Stato Pontificio. Napoleone aveva conquistato l'Europa, Anzio evidentemente non poteva sfuggirgli. Nella piccola Trafalgar che ne seguì il risultato fù disastroso: porto semidistrutto, la nasciente città ridotta ad un cumulo di macerie fumanti. Ma ancora una volta Anzio seppe risorgere.
Caduto Napoleone e restituito lo stato Pontificio a Papa Pio VII fù rapidamente avviata la ricostruzione del porto e della città e l'attività portuale e commerciale riprese febbrile. Nel Maggio del 1818 transitò a Porto d'Anzio Giovan Battista Rasi, console del Re di Sardegna presso la Santa Sede. Acuto osservatore e conoscitore della marineria, dedicò uno studio approfondito al bacino portuale vecchio e nuovo, e concluse che era sicuramente più opportuno ripristinare il vecchio porto neroniano ed abbandonare il nuovo insensato da tutti i punti di vista. Ancora una volta la Curia operò nella direzione sbagliata.